1.4 逍遙散治療抑郁癥、乳腺增生和功能性消化不良的共同靶點(diǎn)查詢

利用GeneCards數(shù)據(jù)庫(kù)、TTD數(shù)據(jù)庫(kù)、DrugBank數(shù)據(jù)庫(kù)以及CTD數(shù)據(jù)庫(kù)，分別獲取抑郁癥、乳腺增生和功能性消化不良的潛在靶點(diǎn)。將上述數(shù)據(jù)庫(kù)查詢到的疾病靶點(diǎn)取交集后，再與逍遙散活性成分所對(duì)應(yīng)的靶點(diǎn)取交集，以獲取逍遙散治療抑郁癥、乳腺增生和功能性消化不良的共同作用靶點(diǎn)。將整理搜集到的靶點(diǎn)導(dǎo)入U(xiǎn)niprot數(shù)據(jù)庫(kù)中，通過(guò)輸入靶點(diǎn)基因名稱列表并限定物種為人，剔除非人源靶點(diǎn)，并將所有的基因校正為其官方名稱（office gene symbol），做后續(xù)分析。

1.5 “單味藥-活性成分-共同靶點(diǎn)”網(wǎng)絡(luò)的構(gòu)建

利用Cytoscape 3.7.1軟件分別構(gòu)建逍遙散治療抑郁癥、乳腺增生和功能性消化不良的“單味藥-活性成分-共同靶點(diǎn)”可視化網(wǎng)絡(luò)。網(wǎng)絡(luò)圖中“節(jié)點(diǎn)（node）”代表逍遙散中活性成分和作用靶點(diǎn)，“邊（edge）”表示活性成分和作用靶點(diǎn)的相互作用關(guān)系。根據(jù)網(wǎng)絡(luò)圖節(jié)點(diǎn)的拓?fù)湫詤?shù)，以度（degree）≥2倍的中位數(shù)為篩選條件，此類數(shù)值越大，說(shuō)明成為逍遙散“異病同治”的潛在活性成分的可能性就越大。

1.6 關(guān)鍵靶點(diǎn)的查找

將共有靶點(diǎn)導(dǎo)入STRING數(shù)據(jù)庫(kù)，構(gòu)建PPI網(wǎng)絡(luò)，篩選關(guān)鍵靶點(diǎn)。并利用Cytoscape 3.7.1軟件的MCODE插件對(duì)該網(wǎng)絡(luò)進(jìn)行聚類分析，尋找核心靶點(diǎn)網(wǎng)絡(luò)。

1.7 通路分析

將逍遙散治療抑郁癥、乳腺增生和功能性消化不良的關(guān)鍵共有靶點(diǎn)導(dǎo)入Metascape數(shù)據(jù)庫(kù)，限定物種為人，對(duì)逍遙散的直接作用靶標(biāo)進(jìn)行KEGG通路富集和GO富集分析。設(shè)定閾值P＜0.05，并根據(jù)P的排序，篩選排名靠前的生物過(guò)程或通路。其中，GO富集包括生物過(guò)程（biological process），分子功能（molecular function）和細(xì)胞組分（cellular component）。

1.8 分子對(duì)接驗(yàn)證

將上述得到的關(guān)鍵活性成分與靶點(diǎn)進(jìn)行分子對(duì)接。應(yīng)用PubChem數(shù)據(jù)庫(kù)查找活性成分，并下載其mol2格式，準(zhǔn)備對(duì)接。在蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫(kù)晶體結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫(kù)PDB（http://www.rcsb.org）中找到蛋白質(zhì)受體結(jié)構(gòu)。對(duì)接模擬前，將所有配體用PyMOL軟件從蛋白受體復(fù)合物中去除，此時(shí)加上極性氫原子與電荷，準(zhǔn)備對(duì)接。在Windows終端下運(yùn)行Autodock 軟件，依次加載潔凈蛋白和能量?jī)?yōu)化后的化合物（配體），用Autogrid 計(jì)算格點(diǎn)能量，采用拉馬克遺傳算法進(jìn)行對(duì)接運(yùn)算。各化合物與蛋白之間結(jié)合情況用自由能評(píng)價(jià)方法評(píng)價(jià)。

2 結(jié)果

2.1 逍遙散化學(xué)成分的篩選以及活性預(yù)測(cè)

通過(guò)TCMSP數(shù)據(jù)庫(kù)對(duì)逍遙散中8味中藥的ADME參數(shù)進(jìn)行檢索，并以O(shè)B≥30%和DL≥0.18為指標(biāo)，剔除沒(méi)有靶點(diǎn)的化學(xué)成分，篩選得到121個(gè)活性成分，其中白芍8個(gè)、白術(shù)2個(gè)、薄荷7個(gè)、柴胡11個(gè)、甘草84個(gè)、茯苓4個(gè)、當(dāng)歸2個(gè)、生姜3個(gè)。

對(duì)逍遙散活性成分和現(xiàn)有的治療這3種疾病藥物的物理參數(shù)（MW、A Log P、BBB和Caco-2）進(jìn)行PCA分析（圖1）。PCA散點(diǎn)圖顯示，逍遙散活性成分與現(xiàn)有的臨床上治療抑郁癥、乳腺增生和功能性消化不良的小分子藥物聚集在一起，表明逍遙散中的這些化合物的理化性質(zhì)與已知藥物相似，具有治療這3種疾病的潛在性能，有發(fā)展成為藥物的可能。

2.2 潛在靶點(diǎn)的預(yù)測(cè)和“單味藥-活性成分-共同靶點(diǎn)”網(wǎng)絡(luò)的構(gòu)建

通過(guò)TCMSP數(shù)據(jù)庫(kù)將化學(xué)成分所對(duì)應(yīng)的靶點(diǎn)進(jìn)行搜集，共得到2 538個(gè)靶點(diǎn)，其中白芍123個(gè)、白術(shù)22個(gè)、薄荷124個(gè)、柴胡342個(gè)、甘草1 753個(gè)、茯苓30個(gè)、當(dāng)歸69個(gè)、生姜75個(gè)。通過(guò)檢索GeneCard數(shù)據(jù)庫(kù)、TTD數(shù)據(jù)庫(kù)以及DrugBank數(shù)據(jù)庫(kù)一共得到抑郁癥靶點(diǎn)1 598個(gè)、乳腺增生疾病靶點(diǎn)844個(gè)、功能性消化不良靶點(diǎn)222個(gè)。其中逍遙散治療抑郁癥、乳腺增生和功能性消化不良的共有靶點(diǎn)有38個(gè)，分別是IL-4、PCNA、ACHE、BAX、BCL2、CASP3、CAT、CCL2、TP53、CDKN1A、CYP3A4、EGFR、HMOX1、INSR、ICAM1、IFNG、IL-1A、IL-1B、IL-10、IL-6、IL-8、MAPK1、MAPK14、MAPK3、NQO1、NOS2、NOS3、SERPINE1、PARP1、EGF、PTGS2、FOS、AKT1、SLC6A4、TGFB1、TNF、VCAM1和VEGFA。同時(shí)，構(gòu)建逍遙散治療抑郁癥、乳腺增生和功能性消化不良的“單味藥-活性成分-共同靶點(diǎn)”網(wǎng)絡(luò)圖（圖2）。

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